تم تصور المستشفى الأهلي في البداية من قبل عشرة رجال أعمال قطريين في عام 1989 ، وتم رسمه كمستشفى قائم على الربح 100 سرير متخصص في طب الأطفال والتوليد وأمراض النساء. بعد عام من تصور المشروع ، اقتربت هذه المجموعة الخاصة من حملة الأسهم من صاحب السمو الأمير الشيخ خليفة بن حمد آل ثاني لمساعدته. وفي عام 1990 م منحت لهم حكومة قطر عدة هكتارات من الأراضي الواقعة في شارع أحمد بن علي (موقعها الحالي) مشروطة ببناء مرفق جديد للرعاية الصحية ، وفي 17 ديسمبر 1995 م صدر مرسوم أميري رسمي من مكتب سمو الأمير الشيخ حمد بن خليفة آل ثاني يعلن عن شركة المستشفى الأهلي (تسمى الآن مجموعة ميديكير ش.م.ق) كشركة مساهمة عامة. بفضل دعم سمو الأمير ، جذب مشروع الرعاية الصحية هذا أفرادًا آخرين للمشاركة في المساهمين. نما المؤسسون العشرة الأصليون إلى حوالي مائة عضو مؤسس ، وتم انتخاب لجنة مؤسسية في عام 1996 برئاسة السيد عبد الرحمن عيسى المناعي. قامت اللجنة التأسيسية بإعادة النظر في خطة المشروع وقررت في النهاية بناء مستشفى عام خاص بسعة 250 سريرًا يوفر خدمات رعاية صحية من فئة الخمس نجوم في بيئة مريحة ، مستشفى يجعلك تشعر وكأنك في فندق فاخر. مع انتخاب مجلس الإدارة الجديد (رئاسة الشيخ ثاني بن عبد الله آل ثاني) عام 2001 ، تم تحويل القرض المشترك الذي حصل عليه المجلس من البنوك لبناء المستشفى الأهلي إلى تسهيلات تمويل إسلامي من أجل أن تكون متوافقة مع أحكام الشريعة الإسلامية وأن تكون وفق النظام الأساسي للشركة. ثم مضت الشركة قدما وسددت المبلغ الإجمالي للقرض من إصدار حقوق جديدة وأصبح الأهلي خاليًا من الديون لأول مرة ومملوكًا بالكامل من قبل مستثمريه في عام 2006. تم الانتهاء أخيرًا من المستشفى في 1 يناير 2004 وافتتحت خدماتها للجمهور رسميًا في نوفمبر 2004.